报告题目: 基于蛋白质语言模型的蛋白质复合物链间接触预测

报告人: 黄胜友

主持人: 张贵军

报告时间: 2023年12月20日  15：00-16：30

报告地点: 信息楼D533

报告摘要：

蛋白质通过与其他生物分子相互作用或者自组装形成复合物来发挥特定的功能。揭示蛋白质-蛋白质间的相互作用接触信息不仅能够帮助理解生命活动的分子机制，而且对于构建蛋白质复合物三维结构，进而研究其生物学功能和药物开发有着重要的作用。随着人工智能方法的不断发展，尤其是AlphaFold的问世，蛋白质单体结构预测已经取得巨大的突破。但是，蛋白质复合物结构预测仍然存在许多挑战，特别是异源复合物在预测精度仍有待提升。在本报告中，我们将介绍一种基于几何三角感知和蛋白质语言模型的蛋白质-蛋白质残基接触预测方法。首先采用蛋白质语言模型提取蛋白质序列的表征，同时引入注意力模块增加了卷积网络的感受野来有效地捕捉长程相互作用，并利用三角感知模块来驱使网络预测的接触尽可能的满足几何约束，此外，我们也采用迁移学习的策略进行了膜蛋白复合物的链间残基接触预测。

报告人简介

黄胜友，华中科技大学物理学院教授，1998年获武汉大学物理学学士学位，2003年获武汉大学理学博士学位，长期从事蛋白质-蛋白质相互作用计算及其复合物结构预测研究，在Nature Machine Intelligence、Nature Protocols、Nature Communications、PNAS、JACS、Nucleic Acids Research等杂志发表论文120余篇，文章累计引用7700余次。发展的蛋白质-蛋白质对接算法和能量打分函数模型在国际蛋白质相互作用预测CAPRI评估中多次排名第一。曾入选国家高层次青年人才计划，获全国百篇优秀博士学位论文、中国大学生五四奖、湖北省自然科学一等奖等。现任中国生物学信息学学会(筹)“生物分子结构预测与模拟专业委员会”秘书长。

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